Se añade animación a los sprites de los Pokémon.
Se añade el efecto color a las letras del ataque de los Pokémon, cuando al Pokémon le quedan pocos puntos de poder de cualquier ataque cambia el color como medio para alertar al entrenador, al igual que lo hacen los colores de los PS. (Letras negras, tienes suficientes PP; letras amarillas, tienes la mitad o menos de sus PP; letras naranjas, un cuarto o menos de sus PP, letras rojas, los PP de ese ataque son cero y el Pokémon no lo puede usar hasta que vayas a un centro Pokémon o le des un objeto que le devuelva los PP de dicho ataque).
Introducción de sprites para los objetos.
La vestimenta del jugador/a cambia, así como su equipaje: la cinta del pelo, las zapatillas y la mochila pasan a ser verdes.
Cambio en los gráficos: tejado de las casas, árboles, flores del exterior, carteles.
No se permite el cambio de Pokémon al derrotar al oponente.
Nuevos entrenadores que te retarán en batallas dobles.
En la ciudad Férrica, podemos encontrar una novedad en un edificio de dos pisos: Puedes encontrar a un señor y a su hija rodeada de muñecos, si hablas con el padre y le dices un código especial, te dará un papel tapiz para tu PC.
La posibilidad de pelear con los líderes de gimnasio después de haberlos vencido, esta vez en un combate doble.
Una nueva opción en el Pokénav de llamar a entrenadores que te lo pidan para otra batalla, y personajes importantes que te darán información.
Una nueva forma de Deoxys (velocidad).
Añadido el complejo del Frente Batalla.
Poder escoger entre Latios/Latias.
Poder obtener los dos fósiles. Uno en la Torre Espejismo y otro en la Gruta Desértica.
La Colina Desafío.
Una nueva sección a la tarjeta de entrenador donde podrás ver los símbolos ganados en el Frente Batalla.
Poder obtener a Groudon y a Kyogre.
Salas de combates especiales en varias ciudades, denominadas Tiendas de batalla.
La Cueva Cambiante.
Poder luchar contra el Team Aqua y el Team Magma.
Isla Suprema, donde se encuentra a Mew sólo si se activa el evento especial.
Roca Ombligo, donde podrás capturar a Lugia y Ho-Oh, sólo si se activa el evento especial.
Sustitución de Plubio como líder de gimnasio por Galano, Máximo en la liga Pokémon por Plubio y Máximo se halla en Cascada Meteoro.
La sala de concursos sólo se encuentra en Ciudad Calagua, donde se obtiene el Tubo para Pokécubos.
Una nueva sección de la Zona Safari, donde se podrá capturar Pokémon de la región Johto.
La ampliación de la cueva del fosilmaníaco en Pueblo Pardal donde podrás capturar a Ditto.
El personaje principal de este juego es Rayquaza. Y de ahí procede todo el tema verde del juego: la intro, la ropa de los personajes, otros colores, etc..
El color del camión de mudanzas en el que el jugador llega a Villa Raíz es de color azul en Pokémon Esmeralda, mientras que en Pokémon Rubí y Zafiro es de color rojo.
Al entrar en la casa de tu rival, éste resulta tener un hermanito menor, mientras que en el Pokémon Rubí y Zafiro tu rival es hijo(a) único(a).
Al entrar en la casa del jugador por primera vez un grupo de Machoke ayuda con la mudanza en Pokémon Rubí y Zafiro. En Esmeralda, es un grupo de Vigoroth.
Al entrar en la habitación de tu rival se encuentra una Poké Ball en el centro de ésta, pero en las ediciones Rubí y Zafiro no está la Poké Ball.
Los Pokémon Legendarios pueden participar en Colina Desafío.
Para conseguir a Groudon y Kyogre hay que pasar primero la liga Pokémon de Hoenn, al contrario la versión de Rubí y Zafiro, se puede conseguir primero a Groudon (Rubí) y a Kyogre (Zafiro) y a Rayquaza después en el Pilar Celeste.
Un error en la Torre Batalla en Esmeralda permite clonar Pokémon y objetos.
En las ediciones Rubí y Zafiro al Profesor Birch/Abedul lo persigue un Poochyena cuando escoges tu Pokémon inicial, pero en Esmeralda, el Pokémon que lo persigue es un Zigzagoon.
En Esmeralda el traje de Bruno y Aura tiene detalles de color verde, mientras en Rubí y Zafiro son de color rojo.
La enfermera Joy en Rubí y Zafiro no tiene gorro, pero en Esmeralda, sí.
Los líderes de gimnasio de Pokémon Esmeralda poseen más y nuevos Pokémon. Ejemplo, Petra posee dos Geodude, Marcial un Meditite, etc.