Yo tengo Windows 10 desde el principio y el único problema que me ha dado fue en verano y ni siquiera fue el propio sistema operativo, sino el antivirus que pensó que el SAI era un programa de infestación y me lo borró con la consecuencia de que perdí todos los pinceles... (aunque después solucioné el problema y pude volver a instalarlo)
Así que no, nunca me ha pasado lo mismo que a ti, y eso que también uso uTorrent a veces (o usaba ya que no he vuelto a usar más los emuladores de consolas)
Espero que resuelvas pronto este problema