Quiero levelear a mis Pokemons en Zafiro Alfa y querría hacerlo dejándolos en la guardería. Mi duda es: ¿hay alguna diferencia si subo de nivel los Pokémon en la guardería que si los hiciese manualmente (aparte de elegir los movimientos)? Es decir, ¿si un Pokémon sube de nivel en la guardería va a tener peores Stats que si los hiciese manualmente?

No necesariamente.
Si entrenas los EVs con hordas o superentrenamiento, tus pokémon llegarán a su máximo potencial. Eso lo puedes ver en la pantalla de superentrenamiento.
Una vez consigues esto, da igual cómo o con qué subas los niveles, caramelos raros, guardería, etc.
Así que no te preocupes.
Además, aunque tu pokémon esté a nivel 100, en estos juegos los EVs siguen pudiendo cambiar. Así que ve a por ello.
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